L’antibiorésistance et les infections opportunistes

D’un point de vue clin­ique, toutes les bac­téries respon­s­ables de patholo­gie ne se ressem­blent pas. On dis­tingue les bac­téries pathogènes, comme les sal­mo­nelles ou les shigelles, qui ren­dent tou­jours malade leur por­teur, des bac­téries oppor­tunistes, qui habitent notre tube diges­tif, notre peau ou nos fos­s­es nasales et peu­vent, à la faveur d’une plaie ou d’un affaib­lisse­ment du sys­tème immu­ni­taire, devenir infectieuses.

Pour illus­tr­er ces dernières, on peut citer Escherichia coli, une bac­térie qui vit en par­faite sym­biose avec notre organ­isme (com­men­sale). Cette espèce bac­téri­enne par­ticipe à l’homéostasie du tube diges­tif et pro­duit des vit­a­mines. L’homéostasie étant un proces­sus de régu­la­tion par lequel l’organisme équili­bre ses dif­férentes con­stantes intérieures. Mais cette espèce est égale­ment respon­s­able de 25 % des infec­tions uri­naires. Générale­ment sen­si­ble à tous les antibi­o­tiques, cette bac­térie est désor­mais résis­tante au traite­ment de référence des infec­tions uri­naires, les céphalosporines de 3^e généra­tion, dans env­i­ron 3 % des cas¹. Une bac­térie com­men­sale et bénigne de notre sys­tème diges­tif peut ain­si men­ac­er d’infecter le rein faute de traite­ment efficace.

Con­traire­ment à d’autres patholo­gies, ces com­pli­ca­tions n’apparaissent pas bru­tale­ment. On peut vivre avec une bac­térie résis­tante aux antibi­o­tiques pen­dant des années. Celle-ci reste silen­cieuse aus­si longtemps que le sys­tème immu­ni­taire et la pres­sion des autres bac­téries com­men­sales con­trô­lent sa place.

À l’occasion d’un stress, d’une péri­ode d’examen, d’une mal­adie virale, le sys­tème immu­ni­taire peut s’affaiblir et une infec­tion bac­téri­enne sur­venir. Par­mi les patients que nous soignons, la majorité souf­frent de can­cer, sont hos­pi­tal­isés dans un ser­vice de réan­i­ma­tion ou ont béné­fi­cié d’une greffe. Ces sit­u­a­tions d’infections oppor­tunistes sont désor­mais plus fréquentes que celles liées à des espèces pathogènes résistantes.

La pré­va­lence crois­sante des infec­tions dues à des bac­téries mul­ti­ré­sis­tantes aux antibi­o­tiques s’explique à la fois par la sur­con­som­ma­tion d’antibiotiques et leur mau­vais usage clin­ique, comme vétéri­naire. Dans les éle­vages, ces traite­ments ont été util­isés à la fois pour soign­er les infec­tions et pour les prévenir. Ce dernier cas facilite con­sid­érable­ment la crois­sance des ani­maux, ce qui a incité de nom­breux éleveurs à instau­r­er une antibio­thérapie de crois­sance. Jusqu’en 1996, en France, des cochons étaient ain­si traités préven­tive­ment avec des gly­copep­tides, une classe d’antibiotiques de dernier recours pour le traite­ment des staphy­lo­co­ques. Cette pra­tique est inter­dite en Europe, mais elle per­siste aux États-Unis et par­ticipe à l’augmentation des résis­tances bac­téri­ennes à l’échelle globale.

Mais la ques­tion de la présence d’antibiotiques dans l’environnement ne se réduit pas aux pra­tiques d’élevage. Une étude récente a ain­si mon­tré que l’on trou­ve des médica­ments dans toutes les riv­ières d’Europe². En relarguant ain­si des molécules actives dans l’environnement, on favorise la sélec­tion de résis­tances par­mi les bac­téries du sol et donc leur pré­va­lence glob­ale. Par le biais de mains ou de légumes non lavés, ces bac­téries ren­con­trent la flo­re com­men­sale du tube diges­tif. Elles peu­vent s’échanger du matériel géné­tique. Les traite­ments antibi­o­tiques favoris­eront ensuite la dif­fu­sion des résis­tances ou leur apparition.

Ces médica­ments doivent donc être pre­scrits et pris con­scien­cieuse­ment. Ils s’inscrivent dans un con­texte social et biologique. En Inde, on achète des traite­ments selon ses moyens financiers. Un patient riche pren­dra un antibi­o­tique à large spec­tre, c’est-à-dire sus­cep­ti­ble de tuer plusieurs bac­téries, quand un patient pau­vre devra se con­tenter de molécules effi­caces sur moins de bactéries.

En Europe, les options thérapeu­tiques sont plus raison­nées. Encore faut-il pren­dre en compte les vari­a­tions d’efficacité d’un antibi­o­tique selon le tis­su. Il est aus­si essen­tiel de respecter les posolo­gies. Quand un patient prend un antibi­o­tique, l’amélioration rapi­de de ses symp­tômes peut l’encourager à arrêter le traite­ment pré­co­ce­ment. Mais ce n’est pas parce que les signes d’infection s’effacent que la bac­térie a dis­paru. D’une manière générale, un traite­ment impar­fait con­tribue à favoris­er les résistances.

Nous sommes un lab­o­ra­toire asso­cié au Cen­tre nation­al de référence (CNR) pour les Entérobac­téries résis­tantes aux car­bapénèmes (ERC) depuis 10 ans. Les car­bapénèmes sont des antibi­o­tiques de derniers recours util­isés notam­ment dans les ser­vices de réan­i­ma­tion pour traiter des infec­tions graves. La résis­tance à ces molécules est une préoc­cu­pa­tion de san­té publique, car les traite­ments des infec­tions devi­en­nent restreints à l’utilisation de la col­is­tine, dernière molécule active, mais présen­tant des effets sec­ondaires graves comme des atteintes irréversibles des fonc­tions rénales.

Lors de sa créa­tion, en 2012, le CNR obser­vait des souch­es de résis­tances aux car­bapénèmes essen­tielle­ment chez des voyageurs, en par­ti­c­uli­er ayant séjourné au Maghreb ou en Inde. Les per­son­nes qui voy­a­gent dans ces pays ont deux chances sur trois d’acquérir une entérobac­térie résis­tante à un ou plusieurs antibi­o­tiques. Celle-ci n’est pas for­cé­ment pathogène, mais à la faveur d’une immun­odé­pres­sion pas­sagère, elle peut provo­quer une infec­tion dif­fi­cile à traiter.

Aujourd’hui, plus de 60 % des cas que nous prenons en charge sont autochtones, ils con­cer­nent des patients n’ayant jamais voy­agé hors d’Europe et qui ont donc acquis la résis­tance dans la com­mu­nauté. L’ampleur du prob­lème est crois­sante et ne peut se résumer à une prob­lé­ma­tique de pays à faible revenu.

La préven­tion de la dif­fu­sion de ces résis­tances est désor­mais un com­bat act­if de la com­mu­nauté médi­cale. Cer­tains hôpi­taux ont ain­si dévelop­pé des poli­tiques actives de pre­scrip­tion raison­née des antibi­o­tiques, en édi­tant des recom­man­da­tions d’usage de ces molécules par patholo­gie, avec l’appui d’infectiologues pour les cas par­ti­c­uliers. Mais en ville, des marges de pro­gres­sion per­sis­tent. La France reste un leader de la con­som­ma­tion d’antibiotiques, le troisième plus gros con­som­ma­teur en Europe. Le développe­ment de tests rapi­des pour dis­tinguer les infec­tions virales des orig­ines bac­téri­ennes, pour les angines en par­ti­c­uli­er, est un levi­er pour réduire le mau­vais usage des antibiotiques.

Il s’agit de garan­tir, le plus longtemps pos­si­ble, l’efficacité des antibi­o­tiques disponibles. La recherche et le développe­ment de nou­velles solu­tions thérapeu­tiques ne suf­firont pas à enray­er la crise. De manière très sché­ma­tique, l’industrie phar­ma­ceu­tique a besoin de 20 ans pour dévelop­per un nou­v­el antibi­o­tique alors qu’il suf­fit de 24 heures à une bac­térie cul­tivée en lab­o­ra­toire pour en devenir résis­tante. Le bon usage, aux bonnes dos­es et dans les bonnes indi­ca­tions per­me­t­tront de sauve­g­arder ces pré­cieuses molécules, en atten­dant de nou­velles thérapies, telles que la phagothérapie, l’immunothérapie, ou les pep­tides antimi­cro­bi­ens et bien sûr de nou­veaux antibi­o­tiques, plus efficaces.