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Pierre-Marie Lledo concentre ses recherches sur l'adaptation et la régénération des neurones dans le cerveau ainsi que leurs interactions avec le système immunitaire. Il est directeur de recherche et directeur du laboratoire « Gènes et cognition » au CNRS et également directeur d'unité « Perception et mémoire » et directeur d'enseignement « Plasticité et développement du système nerveux » à l'Institut Pasteur.