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Après avoir soutenu sa thèse de doctorat à l'École Polytechnique en 2008, pour laquelle il a reçu le prix de thèse de l'École, Matías Núñez a poursuivi ses recherches en tant que postdoctorant à l'Université de Montréal. À la rentrée 2009, il a intégré le CNRS, où il a d'abord été affecté à l'Université de Cergy-Pontoise, puis à l'Université Paris-Dauphine. Depuis 2020, il est membre permanent du CREST et professeur à l'École polytechnique.
Tout au long de sa carrière, il a effectué de nombreux séjours dans des centres de recherche internationaux de renom, notamment aux États-Unis (Berkeley, Caltech, Rochester). Ses travaux portent sur l'économie politique, en particulier les élections de masse, le développement de méthodes innovantes de prise de décision collective, et, plus récemment, l'économie expérimentale.