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Mathias Girel dirige également l’équipe Centre Cavaillès, dans l’unité République des Savoirs et mène des recherches, en philosophie et histoire des sciences, sur les thématiques de l'instrumentalisation du doute et de la production de l’ignorance. Il a publié l'édition française de l'ouvrage de Robert Proctor, Golden Holocaust, Origins of the Cigarette Catastrophe and the Case for Abolition, 2012 (parution mars 2014), ainsi que Science et Territoires de l’ignorance (Quae). Il vient de publier L’Esprit en acte (Vrin).