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Jonathan Chauvin a obtenu son diplôme d'ingénieur civil à Mines ParisTech en 2003 et son doctorat en mathématiques appliquées à Mines ParisTech en 2006. Il a rejoint Lixoft en 2015 en tant que directeur de l'exploitation pour la gestion opérationnelle et la gestion des produits, puis est devenu PDG en 2016. Avant de rejoindre Lixoft, Jonathan Chauvin a occupé des postes d'ingénieur de recherche, de chef de projet et de chef de produit à IFP Energies nouvelles.