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Jean-Baptiste Masson est un physicien théoricien et l'investigateur principal (PI) du laboratoire Decision and Bayesian Computation (DBC) – Epiméthée (EPI) situé à l'Institut Pasteur. Ils appartiennent également à l'INRIA, au CNRS et à l'Université Paris Cité. Il dirige le Laboratoire Christian Vestergaard, physicien théoricien et François Laurent (FL), mathématicien appliqué et ingénieur logiciel. Christian et lui sont membres de l’institut pr[ai]rie et Jean-Baptiste Masson est l’un des 5 fondateurs et directeur scientifique de la spinoff de l’institut pasteur Avatar Médical.
Ses intérêts de recherche se concentrent sur les principes d'organisation du traitement de l'information biologique. Plus précisément, il recherche ces principes d'organisation dans la physique sous-jacente à leurs calculs et dans la physique de leurs environnements sensoriels. Pour aborder ces problèmes, ils ont développé des modèles et des cadres d'analyse statistique avancées qui leur ont permis de décrire avec succès la chimiotaxie des bactéries, les stratégies de recherche olfactive sans perception spatiale chez les insectes et la variabilité synaptique dans la dynamique de marche aléatoire des récepteurs synaptiques. Leur sujet de recherche actuel est le neuroAI incarné.