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Gérard Eberl a obtenu son doctorat à l'Université de Lausanne avant d'effectuer un premier postdoc au Ludwig Institute on Cancer Research. Un second poste à New York l'amène à caractériser le rôle du récepteur d'hormone nucléaire RORt dans les cellules lymphoïdes innées (ILC). En 2005, Gérard a été recruté à l'Institut Pasteur de Paris pour diriger l'unité de développement des tissus lymphoïdes, qui est devenue l'unité Microenvironnement & Immunité en 2015. De 2015 à 2019, Gérard a été président du département d'immunologie de l'Institut Pasteur.