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François Mariotti est particulièrement investi dans la formation des élèves-ingénieurs dans le domaine de la Santé humaine. Il dirige une équipe de recherche (dans une Unité mixte INRA-AgroParisTech) qui cherche à comprendre les relations entre la consommation de protéines végétales/animales, la qualité des régimes et la santé cardiométabolique. Il est auteur d’une centaine de publications scientifiques. En tant que Président du Comité d’Expert Spécialisé Nutrition à l’Anses François Mariotti a été impliqué depuis longtemps dans d’importants sujets de Nutrition de Santé Publique, comme la révision des repères de consommation pour la population française.