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Les recherches de Boris Leroy portent sur la distribution géographique de la biodiversité et sur les facteurs qui expliquent cette distribution : climat, environnement, histoire. Il s’intéresse à l’altération de la distribution géographique naturelle de la biodiversité par les changements globaux (changements climatiques, espèces exotiques envahissantes, destruction d’habitat). Ses recherches portent également sur les méthodes utilisées en écologie, biogéographie et macroécologie, et il met ses travaux à disposition par le développement et la publication de logiciels libres.