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Alexis Gautreau a implanté son équipe de recherche dans le Laboratoire de Biologie Structurale de la Cellule (*BIOC : une unité mixte de recherche CNRS, École polytechnique - Institut Polytechnique de Paris) sur le campus de l’École polytechnique en 2015. Il a développé avec les élèves un axe de recherche sur la « Reconstitution personnalisée du processus tumoral » financé par un mécénat de Servier. Il est Directeur de la Recherche au CNRS (DR1) et Professeur à l’École polytechnique. Il est président du Département de Biologie de l’Ecole depuis 2023.